Firma B3System powstała w 2000 roku. Początkowo spółka sprzedawała oprogramowanie antywirusowe. W 2006 roku firma została przekształcona w spółkę akcyjną, a w 2007 roku akcje przedsiębiorstwa zadebiutowały na warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych.
Obecnie spółka zajmuje się projektowaniem, wdrażaniem, administracją oraz utrzymaniem zaawansowanych środowisk IT. Firma świadczy konsultacje w oparciu o certyfikowany zespół inżynierów i architektów.