PKP Cargo S.A. powstało w 2000 roku na podstawie artykułu o komercjalizacji, restrukturyzacji oraz prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego Polskie Koleje Państwowe. Doszło wtedy do utworzenia spółek przewozowych do prowadzenia działań w obszarze przewozów kolejowych towarowych i pasażerskich.
Od października 2001 PKP Cargo działało w grupie PKP S.A. W 2016 roku PKP Cargo posiadało 19 zakładów taboru, 21 zakładów przewozów towarowych i dwa zakłady przewozów i przeładunku.
PKP Cargo S.A. na warszawskiej GPW
W skład Grupy Kapitałowej PKP Cargo wchodzą spółki działające w obszarze transportu morskiego oraz lądowego, spedycji, logistyki, przeładunku towarów czy napraw taboru kolejowego i tradycyjnego. Na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie spółka notowana jest od 30 października 2013 roku.
Główna siedziba spółki znajduje się w Warszawie przy ulicy Grójeckiej 17. Swoje placówki mają także w Katowicach, Krakowie, Bydgoszczy, Gdańsku, Poznaniu, Szczecinie, Wrocławiu i Łodzi.