Jest to kolejne orzeczenie potwierdzające prawo obowiązek zwrotu podatku od towarów i usług wraz z odsetkami, w przypadku gdy decyzja o zwrocie została wydana po upływie 6 miesięcy od dnia złożenia wniosku w trybie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 23 kwietnia 2004 r. w sprawie zwrotu podatku od towarów i usług niektórym podmiotom.

W analogicznym stanie faktycznym w uzasadnieniu wyroku III SA/Wa 849/07 w którym skąd orzekający wskazał, iż: "ponieważ oprocentowanie zawsze dzieli los należności głównej i jest z nią nierozerwalnie związane, należy stwierdzić, iż także oprocentowania z tytułu nieterminowego zwrotu podatku, w sytuacji gdy brak jest przepisów szczególnych w tym zakresie, należy stosować przepisy ordynacji podatkowej. Mając powyższe na uwadze organ przy ponownym rozpatrywaniu sprawy winien rozpatrzyć wniosek strony o zwrot oprocentowania w oparciu o przepisy ordynacji podatkowej, szczególnie rozdziału 9 "Nadpłata" gdzie art. 76b nakazuje do zwrotu podatku stosować odpowiednie przepisy tego rozdziału. Zapatrywanie wskazane przez skład orzekający WSA w powyższym wyroku zostało podzielone przez NSA I FSK 96/08, który utrzymał ww. wymieniony wyrok WSA w mocy.

Na marginesie powyższego należy wskazać, że w obowiązującym od 1 stycznia 2010 r., rozporządzeniu ministra finansów z dnia 24 grudnia 2009 r. w sprawie zwrotu podatku od towarów i usług niektórym podmiotom (Dz. U. z dnia 30 grudnia 2009 r.) wprowadzonym w wyniku implementacji Dyrektywy Rady 2008/9/WE z dnia 12 lutego 2008 r. (określającej szczegółowe zasady zwrotu podatku od wartości dodanej DzU.UE.L.08.44.23) wprowadzono bezpośredni obowiązek zwrotu podatku VAT wraz z odsetkami.

Jak czytamy w przepisie § 11 rozporządzenia, "od kwoty podatku niezwróconej przez urząd skarbowy w terminie, o którym mowa w § 9 ust. 6, naliczane są odsetki analogicznie jak dla podatników, o których mowa w art. 15 ustawy, w przypadkach nieterminowego zwrotu podatku tym podatnikom".

Wątpliwości budzi jedynie fakt, że przepisy Dyrektywy 2008/9/WE zostały implementowane w rozporządzeniu z dnia 24 grudnia 2009r. w sposób niepełny, w skutek czego organy podatkowe mogą podnosić, iż odsetki należą się jedynie w przypadku zwrotu kwoty podatku później niż w terminie 10 dni roboczych od dnia wydania decyzji o wysokości uznanej kwoty zwrotu podatku. Tymczasem jak wynika bezpośrednio z treści art. 26 w związku z art. 22 i art. 19 Dyrektywy 2008/9/WE, odsetki przysługują co do zasady w przypadku wydania decyzji po upływie terminu 4 miesięcy od momentu otrzymania wniosku o zwrot podatku przez Państwo Członkowskie.

W naszej ocenie w sytuacji decyzji negatywnej, co do zapłaty odsetek po upływie terminu do zwrotu podatku, wnioskodawca będzie mógł powołać się bezpośrednio na przepisy Dyrektywy 2008/9/WE, wskazując, że w takim zakresie w jakim dyrektywa została błędnie implementowana do prawa polskiego, jej przepisy zastępują bezpośrednio przepisy rozporządzenia.