Pomimo, iż w przypadku zbycia udziałów oraz akcji tego typu zwolnienia z obowiązku podatkowego nie zostały przewidziane, podatnik może obniżyć swoje zobowiązanie względem organu podatkowego. W tym celu koniecznym jest określenie kosztu uzyskania przychodu, który związany jest z poniesionym na nabycie tych jednostek, kosztem faktycznym. Koszty mogą wystąpić albo na dzień objęcia, w przypadku objęcia udziałów (akcji) w spółce (wkładów w spółdzielni) w zamian za wkład niepieniężny albo na dzień zbycia w przypadku zbycia udziałów (akcji).

Koszty uzyskania przychodów ze sprzedaży akcji bądź udziałów nabytych w drodze aportu, czyli w formie wkładu niepieniężnego, określa się zgodnie z zapisem art. 22 ust. 1, pkt. 1e ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych. Należy podkreślić, że istnieje kilka sposobów szacowania tej wartości w zależności od rodzaju wkładu niepieniężnego.

Podatnik powinien pamiętać, że koszt podatkowy, towarzyszący objęciu udziałów (akcji) w zamian za wkład niepieniężny w postaci innej niż przedsiębiorstwo, może stanowić wartość początkowa przedmiotu wkładu. Bardzo ważne jest to, że kwota ta podlega amortyzacji oraz innym odpisom aktualizującym wartość, wynikiem czego może różnić się od wartości nominalnej. Oznacza to że do kosztów nie zostanie zaliczona cała kwota lecz jej część, która pozostanie po dokonanych odpisach. Warunkiem takiego sposobu określania kosztu podatkowego jest założenie, że przedmiotem wkładu niepieniężnego są środki trwałe lub też wartości niematerialne i prawne.

Wartość kosztów zmniejszających podstawę opodatkowania, a w konsekwencji zobowiązania z tytułu podatkowego, podatnik może ustalić również jako wydatki faktycznie poniesione na nabycie składników majątkowych, stanowiących ów wkład. Należy przy tym podkreślić, że wydatki te nie mogły być wcześniej zaliczone do kosztów uzyskania przychodu.

Innym sposobem ustalania wysokości kosztów podatkowych związanych z nabyciem jednostek udziałowych, będących przedmiotem zbycia jest przyjęcie za koszt uzyskania przychodu określonej dla celów podatkowych, wartości majątku. Należy jednakże zaznaczyć, że wartość ta nie może być wyższa niż ich wartość z dnia objęcia papierów wartościowych.